中心的前身是上海医科大学附属儿科医院外科，它成立于1958年7月1日，当时由常世民医师全面负责领导管理外科门急诊、病房、手术室与麻醉各项工作。在内科二病区内设有8只病床，手术室1间。1960年始由中山医院普外科金百祥医师前来担任顾问，后于1963年正式调任我院小儿外科主任。随着业务规模的扩大，于1958年10月正式成立独立的小儿外科病区，设床位24张。到1960年达到42张床，医师9人，设有新生儿、普外、泌尿、矫形外科专业，手术室也相应扩大为2间。70年代后期，心胸外科专业组建成，床位总数增至90张。1989年小儿肿瘤外科专业成立。1992年成立小儿心血管中心。1998年与华山医院手外科合作，增设臂丛神经损伤诊治病房。2000年与华山医院神经外科合作，正式收治小儿颅脑外伤和肿瘤患者。2002年2月评定为上海市小儿外科疑难重症诊治中心。目前，中心床位设定床位数136张，实际开放床位170张，医疗市场辐射全国乃至东南亚及欧美地区，是学科规模齐全、技术力量雄厚、科研水平先进的一流医疗诊治中心。主要包括新生儿外科、小儿普外科、肿瘤外科、泌尿外科、矫形外科、心胸外科、神经外科。下设三个亚中心：小儿微创中心，小儿遗尿中心，小儿心血管中心。
　　中心的规模与工作量在本市乃至国内的小儿外科单位中名列前茅。除异体脏器移植外，小儿外科的各项手术均已开展，包括各系统先天性畸形的矫治、恶性肿瘤的综合治疗、创伤救治等各类大中型手术。在国内率先成功开展并报道的手术有先天性胆管扩张症囊肿切除术(国家教委科技进步三等奖)、小婴儿经肛门一期巨结肠根治术(上海市医疗成果三等奖)、新生儿早期(10天)经腹腔镜巨结肠根治术、后矢状入路肛门直肠成形术 (Pena氏术)治疗肛肠畸形术后复杂并发症(复旦大学医疗成果奖)、先天性颈梨状窝瘘切除、先天性胫骨假关节矫治、臂丛神经损伤的功能重建术等。在国内较早开展的高难度手术有小儿腹腔镜手术治疗消化道畸形、尿生殖系统畸形、联体儿分离、脾腔分流治疗小儿肝外型门脉高压、Kasai术治疗胆道闭锁、肝叶切除(包括三叶切除)、一穴肛畸形的一期根治、腹膜后巨大肿瘤切除、胰头十二指肠切除(Whipple氏术)、自体肾移植、脑肿瘤切除等。在国内居领先地位的诊治效果有新生儿先天性畸形重危病例的救治、小儿恶性肿瘤的综合治疗、小儿分娩性臂丛神经损伤的治疗、小儿颅脑外科疾病的治疗等。
　　历年来，中心共获得国家、省部级奖11项，其中卫生部科技进步奖5项，国家教委奖1项，上海市科技进步奖4项，上海市医学科技奖1项，共发表论文300余篇，80％发表在国家核心期刊，8篇被SCI收录；出版专著2部，获得局级以上重大、重点课题22项。中心目前拥有教授8名，副教授6名，博士研究生导师6名、硕士生导师2名，共有医师46人，护士82人，具有完善的基础和临床科研设施。本学科成员中共有6人分别担任《中华小儿外科杂志》、《中国实用儿科杂志》、《中国肿瘤临床杂志》、《上海医学》、《临床儿科》、《中国医刊》、《创伤外科》、《肝胆外科杂志》等常务编委和编委。技术力量雄厚、医疗设备齐全、成绩裴然，是卫生部临床重点专业儿科学的主要组成部分。
　　中心的发展离不开党中央政府的关怀，离不开医院的扶持，离不开中心成员的团结和拼搏，难能可贵的是还有老一辈儿外科专家的创业精神和诲人不倦的教育精神，他们身体力行、为人表率，成为中心的支柱，他们为我们留下了宝贵的知识财富和精神财富。金百祥教授是中心的创始人和创业人，他一生致力于他钟爱的小儿外科事业，是国内德高望重的小儿外科专家之一。不幸的是他于2003年10月28日因病医治无效逝世，终年76岁。我们深切缅怀金百祥教授。
　　附：深切缅怀金百祥教授悼文